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宏基因组、宏转录组的送样要求是否和多样性组成谱一样

更新时间:2021-09-23 15:14:15点击次数:533次

宏基因组、宏转录组的送样要求是否和多样性组成谱一样

多样性组成谱研究是基于群落DNA进行特定片段的扩增,所以对样本量/核算总量和浓度要求会相对宽松。

而宏基因组/宏转录组项目,由于不涉及PCR扩增,而是对提取得到的DNA/mRNA进行鸟枪法测序,因此,送样要求比多样性更严格,主要表现在:1)样本的总量需求更多;2)核酸质量(总量、浓度、纯度)要求更高;3)宏转录组样本尽可能避免RNA酶的污染。

基于以上原则,宏基因组/宏转录组项目,无论是原样还是核酸样本,为了保证有足够的高质量核酸用于测序,需保证足量的样本量(尤其是空气、沙漠土壤等微生物含量较低的样本类型),并在样本采集和运输过程中保持严格的低温环境(干冰);另外,宏转录组项目要保证无RNA酶的污染;所用器材用DEPC水进行清洗后使用,涉及到的保存液用无RNA酶的灭菌水进行配置、使用RNA保护液。

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