转录组高分文章特点
1) 大样本量（例如群体转录组）；2)新技术手段（例如单细胞转录组）；3)深入数据挖掘（例如比较转录组、融合基因、可变剪接）4)多组学数据联合分析（例如转录组+蛋白组+代谢组+表观组）；5)多类型数据联合分析（例如mRNA+circRNA+miRNA+lncRNA）；6)表达验证实验结合（例如RT-PCR、southern、northern、western）；7)功能验证实验结合（例如基因克隆、过表达、基因干扰与沉默、原核表达、酵母双杂、BiFC、亚细胞定位）；8)其他分子检测结合（例如生理生化指标检测）。其中，转录组测序＋分子实验验证是组学研究的经典套路；另一种是多组学贯穿分析，例如“转录组＋代谢组” 的分析策略是高分文章经常使用的策略之一。
为什么要进行转录组+代谢组？
1）生物体太复杂，单独用某一种组学对系统生物学进行研究，往往比较片面；2）转录+代谢，从原因和结果两个层次分析生物体的内在变化，较全面地解释生物学问题。3）性价比高。
如何从转录组、代谢组数据中挖掘关键信息、阐明分子调控机制？
目前常用的主要有两种方式：1）基于功能通路；2）基于表达量。这两种关联思路的根本都是基于差异表达基因和差异代谢物，根据这两者的变化信息，从不同层面探究生物体不同生长发育阶段、不同抗逆胁迫下的分子调控机制。对于先前有过一定实验积累或者研究结果，在已知目标通路的情况下，不妨从目标通路或者显著富集的通路入手，绘制目标通路简图，根据通路中基因和代谢物的变化信息，可快速锁定目标基因和代谢物，开展基于通路的分析策略。当没有目标通路时或富集结果不理想时，根据差异代谢物和差异基因表达量进行相关性分析，获取潜在调控机制，并以相关性热图或网络图进行展示，说明两者间的潜在调控信息。总之，转录+代谢研究具体思路包括：第一：做完两个组学之后，联合分析讨论；第二：转录和代谢相互验证；第三：两个组学联合锁定到具体的点，然后针对这个点做后期验证。
