PacBio Sequel II
2019年4月，美国太平洋生物科学公司（Pacific Biosciences，以下简称PacBio）重磅发布新一代测序系统PacBio SequelⅡ，与PacBio Sequel测序系统相比，PacBio SequelⅡ芯片支持8M SMRT Cell ，单张芯片测序通量提升了8倍，并可产出高精准度的长读长HiFi reads，碱基准确度可达99.9% 以上，具有测序通量更高、耗时更短、准确度更高、应用更灵活等特点。
技术优势
1. 长读长，高产量：Sequel II平台应用PacBio稳定的SMRT测序技术，Polymerase reads 平均读长可达 25kb 以上，N50 在 35kb 以上，另外目前单个 SMRT Cell 产量有大幅提升，通过升级光学系统和测序芯片（ZMW孔数由100万升至800万个）提升整体测序通量，单芯片序列平均产量160Gb（PacBio官方数据），是前一代平台的8倍。
2. 两种模式灵活选择：Sequel II平台提供CLR library和HiFi library两种测序模式。其中CLR library的运行时间为10小时，可为客户提供超过75Gb的长片段数据；HiFi library采用CCS方式获取数据，单次运行时间增加到30小时，大幅提升长片段序列的单碱基准确性。
3. 产品应用更具性价比：Sequel II平台从测序通量到测序质量进行全方位提升，旨在下降三代测序成本，为复杂基因组组装、结构变异检测和全长转录组研究提供更多可能。
应用领域
1. 全基因组de novo测序
与二代测序不超过1Kb的读长相比，PacBio Sequel的长读长将很好地解决短序列数据的拼接难题。同时，与二代测序的模板样品需要扩增相比，PacBio Sequel无需扩增可直接对单个分子进行测序，很好地避免了PCR扩增偏好性和GC偏好性，PacBio Sequel可轻松跨越GC含量异常（过高或过低）及高度序列重复的区域，实现序列覆盖的完整性和均一性。
2. 基因组草图的优化或基因组完成图绘制
对前期已开展测序的动植物、微生物等基因组结合三代长读长测序数据进行完善。针对前期已经开展全基因组测序，获得基因组草图的动植物、微生物等，可以结合PacBio Sequel平台长读长reads进行补充，从而快速获得前期没有测得的信息及完善基因组的完整度。另外还可以针对前期没有检测获得的结构变异信息（structural-variation events）、串联重复序列信息（tandem duplication）、易位信息（Inversion）等。尤其在微生物基因组完成图的绘制中，可在一天之内将基因组完善获得0 gap contig。
3. 全长转录本测序
PacBio Sequel 的长读长可实现全长转录本测序，并使基因可变剪接形式的识别成为可能，因此可以对新基因及其isoform进行更好的研究。同时，长读长不再需要对RNA-Seq的reads进行组装，因此可以更完整的对基因模型和转录的基因进行更好的注释，用以改进参考基因组中的基因注释信息。
4. 宏基因组测序
长读长reads能够鉴定水体、土壤、肠道等生境中微生物的种类的鉴定，能够更加快捷地获得更多微生物物种的全基因组序列。
5. 16S rDNA全长测序
PacBio Sequel的平均读长为8-12Kb，而16S rDNA长度大约为1,540bp，因此结合该平台测序可以成功测序获得16S的全长序列。
6. 细胞器基因组测序
叶绿体基因组和线粒体基因组序列都包含重复序列、反向重复序列等复杂结构，PacBio Sequel的长读长可直接跨越这些区域获得这些细胞器的全基因组序列信息等，基因组组装不依赖于是否有近缘物种的线粒体和叶绿体基因组信息等、重测序能够检测到更多的SNPs 及indel信息。
7. 全基因组重测序&稀有变异鉴定
PacBio RS II 长读长测序reads无GC偏好，能够更好地获得基因组的遗传变异，包括SNPs的鉴定到CNV、SV结构变异等，可运用至人类癌症基因组重测序等。PacBio Sequel平台10小时即可完成测序，可应用至需要快速反馈的临床检测中，如细菌感染疾病中细菌的鉴定、病毒的鉴定等，取样开展重测序和目前已有的细菌、病毒基因组数据库进行比对鉴定即可。
8. 表观遗传学
PacBio Sequel利用测序过程聚合酶反应的动力学变化，实现对碱基修饰进行直接测序。当碱基有额外修饰时，DNA聚合酶的合成速度会减慢，对应的信号会被检测出来。每种碱基修饰事件都会使聚合酶的“停顿模式”PacBio Sequel产生微小差异，反映到荧光脉冲信号的间隔上。除了甲基化修饰，还可以检测5-hC、5-hmU、5-hU、1-mA、6-mA、8-oxoA、BPDE、6-mT、6-mG等碱基修饰，甚至可以鉴别传统亚硫酸氢盐测序法无法区分的甲基化修饰和羟甲基化修饰。PacBio Sequel平台可以在测序的同时即可检测表观遗传学修饰信息，只需对测序数据选择合适的软件即可分析碱基修饰信息。
