三代微生物多样性是基于PacBio测序平台，能够轻而易举地读取群落微生态系统中所有微生物的rRNA基因/ITS全长序列，不再受制于短序列的局限性，并充分保障全长序列的测序精确性，从而在种甚至菌株等精细水平更全面更深入地解析菌群多样性和组成谱。
常用引物
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测序类型 |
引物名称 |
引物序列 |
扩增产物长度 |
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16S 全长 |
27F |
5′-AGRGTTYGATYMTGGCTCAG-3′ |
1500 bp |
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1492R |
5′-RGYTACCTTGTTACGACTT-3′ |
1500 bp |
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18S 全长 |
EukA |
5′-AACCTGGTTGATCCTGCCAGT-3′ |
1800 bp |
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EukB |
5′-TGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC-3′ |
1800 bp |
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ITS全长 |
ITS1 |
5′- CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3′ |
600-700 bp |
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ITS4 |
5′- TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′ |
600-700 bp |
送样要求
样品类型
样本要求
原样
土壤类
每管土壤含量大概0.25-0.5 g，需保证送样量在1-2 g，若土壤含微生物较少，需增加送样量。
淤泥
4 h内常温带回实验室，分装至2 mL EP管或冻存管中；或用PBS进行清洗，8000 g离心10 min收集沉淀，分装于2 mL离心管中；每个样品至少2 g。
水体
2 mL-5 mL水体，取样后4 h内（期间4 ℃避光保存）真空抽滤、富集菌体（平行重复样本可用0.22 μm的同一滤膜过滤），将富集菌体的干燥滤膜剪碎或折叠后保存在 2 mL或5 mL无菌EP管中。
肠道内容物
在实验对象死亡后，无菌条件下取出整个肠道，用无菌解剖刀切取所需肠段的内容物，用无菌手术刀挖取内容物，并立即放在冰上进行分装及标记。将已取的样品分装至2 mL 无菌EP管或无菌冻存管中，每管组织量为0.5-2 g，每个样品分装2-3管备份。
粪便
带上手套收集新鲜的粪便样品，无菌牙签或粪便取样器截取样品中段内部（避免表层中的肠道膜脱落细胞），将粪便样品分装至2 mL无菌EP管或无菌冻存管中，每管粪便量0.5-2 g，每个样品分装2-3管备份。
所有样本，液氮速冻，-80℃保存，干冰运输；生物学重复≥3。
DNA样本
浓度≥10 ng/μL（Qubit）；总量≥500 ng；完整性：主带清晰，无降解或轻度降解。
产品特色
深入获取微生物群落的精细组成信息；预测微生物群落的潜在代谢功能，并指导后续宏基因组测序研究；通过“全微生物组关联研究”，精准鉴定与表型/组间差异相关的关键物种；与Illumina平台（二代）对菌群16S rRNA基因测序结果相比，PacBio（三代）能显著提升种水平的物种检测精确性，并大幅改善物种分类信息的不确定性。
