Q1. 宏基因组测序技术和微生物多样性测序技术有何区别，如何选择？
答：1）实验上的区别：微生物多样性测序需要选择特定引物序列并进行目标基因片段的PCR扩增，而宏基因组测序只需要对抽提获得的DNA做片段化处理。
2）分析上的区别：微生物多样性测序需要进行OTU聚类，只能研究物种的类别和组成比例，而宏基因组测序需要进行序列组装和评价，同时可以从物种、基因和功能层面上进行分析研究。
3）由于二者在平台技术上不同，从而在分析上也是不同，且各有优势，可根据研究目的来进行选择：若仅仅关注环境的群落构成，包括哪些优势菌属和非优势菌属，则微生物多样性就可以满足需求，而若需要在群落构成的基础上挖掘更深的功能信息，则建议宏基因组测序。或者可以先大样本量进行微生物多样性分析，并根据多样性分析结果挑选合适的样本进行宏基因组测序，更深一步的探究群落物种的功能特性。
Q2. 当DNA总量和浓度很低时，是否可以建库上机？
答：宏基因组测序中常常出现因样品类型特殊或样品量不足而无法获得足量DNA，造成建库失败的问题。为此，基于长期的实验积累，我司开发了一套独有的微量建库方案，可保证大部分浓度低的样品成功建库，且经过大量实际上机测试，微量建库结果与高起始量的常规建库结果一致。
Q3. 为什么宏基因组与微生物多样性物种注释结果存在差异？
答：微生物多样性和宏基因组都可分析环境中物种的种类，但是物种的丰度在二者之间存在一定的差异，第一种原因是微生物多样性是基于核糖体小亚基基因序列进行物种注释和丰度统计，但是在不同物种中核糖体基因的拷贝数不一样，这会带来一些误差；第二种原因是二者在建库测序过程中会进行PCR反应，在PCR这个过程中也会存在一些误差。
Q4. 对于宏基因组项目，如何排除宿主污染？
答：取样时，尽量不要取靠近组织的部位；提取的时候选用相应的试剂盒；若有参考基因组，可通过比对分析去除宿主基因组污染。
Q5. 如果存在较大的宿主污染，且没有宿主基因组的参考序列可以进行宏基因组测序吗？
答：不可以，如果宿主的DNA包含大量的环境DNA，测序之后，会存在严重的污染。若无已知宿主基因组的序列来进行比对去污染，就会影响后续结果分析的准确性，且可用的数据量会很少；但是如果在提取的过程，宿主基因组污染的量较少，后期的数据分析暂可忽略污染。
Q6. 宏基因组测序的测序量建议多少？
答：由于环境样本的复杂程度不同，所以测序量一般也不相同。对于微生物组成复杂的样本类型，如土壤样本，测序量建议12G，而对于微生物组成相对简单的样本，如肠道样本，测序量一般建议10G。
