细菌基因组测序是指基于二代高通量或三代测序技术，获得细菌全基因组序列后，利用生物信息学分析技术进行序列的基因预测及功能注释，可为研究细菌特有的生物学特征提供分子生物学基础；结合比较基因组分析，可为研究细菌间的性状变异、功能差异及遗传进化关系提供理论指导。

产品类型

1）基因组框架图：经生物信息学分析后，拼接得到的基因组覆盖度大于95%，基因区覆盖度达到98%以上，Contig N50达到5 Kb，Scaffold N50达到20 Kb，单碱基错误率在十万分之一以下。

2）完成图：经生物信息学分析后，拼接得到完整的基因组序列，单碱基错误率低于十万分之一。

      产品比较

Q1. 细菌草图测序，可以提供基因组圈图吗？

答：在有参考基因组序列的情况下，我们可以将草图序列与参考基因组进行比对，获得在参考基因组上的Scaffold位置，进而连接进行圈图绘制。然而，这种方式并不是真正物种本身的Scaffold连接关系，只有进行完成图测序才能获得真实的基因组圈图。

Q2. 为何完成图选择三代测序平台？

答：受测序片段长度的限制，细菌基因组序列通常需要利用软件算法将大量测序片段拼接起来，而细菌基因组中重复序列的存在，则会大大增加拼接的复杂度。细菌重复序列的大小从几百bp到7Kb不等，细菌框架图的插入片段，只能解决少量的重复片段问题，因此组装结果更加碎片化；而三代测序采用了10Kb文库，平均读长也达到10Kb以上，由于序列够长，避免了细菌基因组中重复序列的影响，因此能够获得0 Gap的完整组装结果。

文章：Analysis of the Taxonomy and Pathogenic Factors of Pectobacterium aroidearum L6 using Whole-genome Sequencing and Comparative Genomics

期刊：《Frontiers in Microbiology》

影响因子：4.023

研究背景

Pectobacteriaceae被认为是十大最重要的农业植物病原菌之一，由果胶杆菌属（Pectobacterium spp）和Dickeya spp组成，它们会对各种农田作物、水果、观赏植物和蔬菜造成严重破坏，其中Pectobacterium spp具有高度的表型、遗传和致病性，特别是异质性，能在植物寄主中引起严重的软腐病，并且有广泛的寄主范围。然而，就当前来说缺乏有效控制细菌性疾病或防止这些病原体的传播方法。此外，目前对Pectobacterium sp的分类还不清楚，且缺乏P. aroidearum的全基因组数据，严重阻碍了Pectobacterium分类和致病机制的研究。

研究方法

作者利用从中国海南大学植物苗圃的感染软腐病合果芋样品中分离得到的一株细菌L6（P . aroidearum L6），使用PacBio RS II平台和Illumina HiSeq 4000平台对其进行全基因组测序和比较基因组分析。具体来说，对测序得到的数据分别使用果胶杆菌属16S rRNA和果胶杆菌属基因组进行系统发育分析，并使用isDDH和ANI对果胶杆菌属进行分类，最后进行果胶杆菌与参考菌株的核心基因组分析。

研究结果

该研究展示了L6菌株的全基因组序列，L6由一条4,995,896 bp的染色体组成，G+C含量为53.10%，含有4306个预测的蛋白编码基因。P. aroidearum L6合成和运输毒力因子。此外，182个基因涉及毒素、PCWDEs和分泌系统。本研究结果将为更好地了解P. aroidearum L6，特别是为发现潜在的致病因子和开发更有效的对抗该病原体的策略提供了信息。