长链非编码RNA（Long non-coding RNAs, LncRNA）是一类长度>200 nt 且少有或不具有蛋白质编码潜能的复杂RNA，以带有polyA 尾和不带有polyA 尾两种形式广泛的存在于各类生物体内。LncRNA 可以与DNA、RNA 或蛋白质结合，参与表观遗传调控、转录调控以及转录后调控，在生命活动中具有重要作用。该技术是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNA和mRNA，通过高通量测序技术，并利用生物信息分析平台，对于样品内全部已知或未知的LncRNA进行全面深入的研究，揭示其在疾病或特定生物学过程中的功能。

样品要求

      技术优势

数据覆盖面广：可同时检出转录组及LncRNA信息，鉴定mRNA和低丰度的LncRNA；数据得率高：高效的rRNA去除方法，保证LncRNA有效数据占比达到90%；信息分析全面：在获得测序数据后，可进行常规分析、联合分析及个性化分析，提供全面优质的分析服务内容。

Q1. 研究LncRNA对物种有何要求？

Q2. LncRNA测序与转录组测序的区别？

答：转录组测序是只针对mRNA进行测序。由于LncRNA测序在建库之前会去除rRNA，因此剩下的RNA中除了LncRNA信息，也包含有mRNA信息。因此，通过LncRNA测序，可以通过一次建库获得转录组和LncRNA的信息。

Q3. LncRNA测序建议的数据量是多少？

答：根据项目经验及文献报道，对于LncRNA的基本研究，可以选择数据量12Gb Clean data，对于更高的分析内容要求，比如挖掘更多低表达LncRNA，可以相应提高测序数据量。

文章：The lncRNA PVT1 regulates nasopharyngeal carcinoma cell proliferation via activating the KAT2A acetyltransferase and stabilizing HIF-1α

期刊：《Cell Death & Differentiation》

影响因子：15.828

研究背景

鼻咽癌（NPC）是一种起源于鼻咽部上皮的头颈癌，是我国南方地区高发的恶性肿瘤之一。虽然凋强放疗技术在NPC治疗中取得了良好的进展，但NPC患者的肿瘤增殖和生长仍然是导致治疗失败和癌症相关死亡的重要原因。长链非编码RNA（LncRNA）通过调节组蛋白修饰参与肿瘤发生，在许多癌症的发生发展中起着重要作用。然而，特异性LncRNA在NPC中的临床意义及其调控NPC的分子机制仍有待阐明。浆细胞瘤变异易位基因 1（PVT1）是一种被证实具有致癌作用的LncRNA，在多种肿瘤中均高表达，其可促进肿瘤细胞的增殖、侵袭、转移及耐药等恶性生物学行为的进展。然而，PVT1在NPC进展中的生物学意义和临床意义仍有待进一步研究。

研究方法

为深入探究LncRNA PVT1调控NPC的分子机制，作者收集了10份正常鼻咽样本、10份NPC活检样本及100份福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）NPC组织，具体过程：1）培养人NPC细胞系（SUNE-1、 C666-1、CNE-2、CNE-1、 HNE-1）和NP69，分离提取NCP组织、细胞及FFPE NPC组织的RNA，并通过蛋白质印迹法探索PVT1通过KAT2A调节HIF-1α稳定的潜在机制。2）进行ChIP-qPCR和PVT1的原位检测，从NP69细胞中扩增出编码PVT1、KAT2A、TIF1β和NF90的cDNA、测序、克隆到pcDNA3载体中；从NP69细胞中PCR扩增NF90启动子并测序，克隆到pGL3载体中。3）分析菌落形成，并进行RNA免疫沉淀和RNA pull-down实验。4）从转染了shPVT1或shC对照的HNE-1以及三个冷冻的NPC组织和相应的正常鼻咽标本中提取总RNA，HiSeq X ten测序，鉴定差异表达基因，对差异表达基因进行KEGG通路分析和GO分析。5）选用雌性BALB/c裸鼠，每组皮下植入2*10⁶个HNE-1细胞进行肿瘤发生研究，并对石蜡包埋的NPC组织和相应的正常鼻咽标本进行免疫组化染色以及统计分析。

研究结果

结果显示，lncRNA PVT1在NPC中表达上调，而这种上调与患者生存率降低有关。RNA测序显示PVT1负责调节NPC细胞增殖，并控制这些细胞中缺氧相关表型。在小鼠皮下异种移植模型系统中，PVT1基因敲除降低NPC细胞增殖、菌落形成及肿瘤发生。进一步发现PVT1作为染色质修饰因子KAT2A的支架，其介导组蛋白3赖氨酸9乙酰化（H3K9），募集核受体结合蛋白TIF1β以激活NF90转录，从而增加HIF-1α的稳定性并促进NPC细胞的恶性表型。NF90或HIF-1α的过表达可恢复因PVT1或KAT2A耗尽而停止增殖细胞的增殖。相反，KAT2A或TIF1β活性的过表达，促进了PVT1介导的NF90转录的增加以及HIF-1α的稳定性和细胞增殖。PVT1基因敲除通过抑制H3K9ac与TIF1β的结合增强NPC细胞的放射增敏作用。综上所述，本研究表明，PVT1通过激活KAT2A乙酰转移酶和稳定HIF-1α，在恶性NPC的放射敏感性中发挥了重要的致癌作用。